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FAT16这是MS-DOS和早期Windows 95操作系统最常使用的磁盘分区格式。它采用16位文件分配表，硬盘容量最大支持2GB，是目前所获支持最广泛的一种磁盘分区格式，几乎所有的操作系统都支持这一种格式，DOS、Windows系列，甚至独树一帜的Linux都支持这种分区格式。但是FAT16分区格式存在巨大的缺点：大容量磁盘利用效率低。在微软的DOS和Windows系统中，磁盘文件的分配以簇为单位，一个簇只分配给一个文件使用，不管这个文件占用整个簇容量的多少。这样，即使一个很小的文件也要占用一个簇，剩余的簇空间便全部闲置，造成磁盘空间的浪费。由于分区表容量的限制，FAT16创建的分区越大，磁盘上每个簇的容量也越大，造成的浪费也越大。所以为了解决这个问题，微软推出了一种全新的磁盘分区格式FAT32，并在Windows 95 OSR2及以后的Windows版本中提供支持。
FAT32
顾名思义，这种格式采用32位的文件分配表，磁盘的管理能力大大增强，突破了FAT16 2GB的分区容量限制。由于现在的硬盘生产成本下降，其容量越来越大，运用FAT32的分区格式后，我们可以将一个大硬盘定义成一个分区而不必分为几个分区使用，大大方便了对磁盘的管理。FAT32推出时主流硬盘空间并不大，所以微软设计在一个不超过8GB的分区中，FAT32分区格式的每个簇容量都固定为4kB，与FAT16相比，大大减少磁盘的浪费，提高磁盘利用率。目前，支持这一磁盘分区格式的操作系统有Windows 95 OSR2/Windows 98/Windows 98 SE/Windows Me/Windows 2000/Windows XP，Linux Redhat部分版本也对FAT32提供有限支持，如果将Linux系统安装在FAT32分区下，必须使用软盘进行引导。但是这种分区格式也有它明显的缺点，首先是由于文件分配表的扩大，运行速度比采用FAT16格式分区的磁盘要慢，特别是在DOS 7.0下性能差距更明显。另外，由于早期DOS不支持这种分区格式，所以无法再使用早期DOS系统。
NTFS
NTFS为Windows NT操作系统而生并随着Windows NT4跨入主力分区格式的行列，它的优点是安全性和稳定性极其出色，在使用中不易产生文碎片。
NTFS分区对用户权限作出了非常严格的限制，每个用户都只能按照系统赋予的权限进行操作，任何试图超越权限的操作都将被系统禁止，同时它还提供了容错结构日志，可以将用户的操作全部记录下来，从而保护了系统的安全。但是NTFS分区格式兼容性不好，特别是对使用广泛的Windows 98 SE/Windows Me系统，它们还需借助第三方软件才能操作NTFS分区。微软近期推出Windows XP并结束了Windows 9X系列的开发，Windows XP基于NT技术提供完善的NTFS分区格式支持，看来微软对推广NTFS分区格式有相当大的决心。NTFS分区也在不断升级中，目前Windows 2000所支持的为NTFS 5.0。