根据吴军博士所讲:我学的是生工制药，考研要考哪几门？

你要具体查询一下你要报考学校的招生简章,每个学校都有规定课程和参考教材.
招生简章
http://www.okhere.net/kaoyan/bkzn/zsjz/2006nzsjz/
http://www.chinakaoyan.com/sort.php/37
http://www.okhere.net/kaoyan/bkzn/zsjz/index.shtml
或者到该学校网站查询

你说的生工制药其实是生物化工和制药工程两块。
以四川大学的这两个专业为例，以作参考：
081720☆★制药工程 │ 16 │ │ │
│ │ 宋 航 │ │ │
│01制药中间体及药物合成 │ 李子成 │①101政治②201英语或 │复试科目: │
│ │ 周 鲁 │202俄语或203日语③302 │ │
│02生物制药技术 │ 李 晖 │数学二④884化工原理或 │制药工程综合│
│ │ 褚良银 │886有机化学或 │（工业药剂学│
│03天然药物及中药现代化 │ 张永奎 │887物理化学 │药物合成反应│
│ │ 付 超 │ │药物化学 ) │
│04制剂工程及材料 │ 梁 冰 │ │ │
│ │ 余洛丁 │ │ │
│05制药过程检测及质量控制 │ 马丽芳 │ │

081703☆生物化工 │ 20 │ │ │
│ │ 宋 航 │ │ │
│01生物分离技术 │ 何泽超 │①101政治②201英语或 │复试科目: │
│ │ 肖泽仪 │202俄语或203日语③302 │ │
│02生物发酵及基因工程 │ 肖 丹 │数学二④884化工原理或 │生物工程综合│
│ │ 褚良银 │886有机化学或 │（应用微生物│
│03生物反应器与膜技术 │ 张永奎 │887物理化学 │生物分离工程│
│ │ 付 超 │ │生物反应工程│
│04工业微生物与环境生物工程 │ 梁 冰 │ │) │
│ │ 周 鲁 │ │ │
│05可再生资源利用与开发 │ 马丽芳 │ │ │
│ │ 赵红卫 │ │ │
│ │ 万海清 │ │ │
│ │ 穆畅道 │ │ │
│ │ │